In Zij hielden koers volgen we de geschiedenis van de Nederlandse koopvaardij in de Tweede Wereldoorlog. Het is het verhaal van gewone mensen, die zonder daarvoor te kiezen, ineens in de frontlinie van een oorlog terecht komen.
In 1939 moeten schepen die zich niet kunnen verdedigen plots het oorlogsfront op zee trotseren. De koopvaardij is de levenslijn voor de geallieerde strijdkrachten, zij zorgen voor een voortdurende aanvoer van mensen, wapens, materieel en voedsel. Deze logistieke lijnen vormen de ruggengraat van de strijd. Maar ten koste van wat? Want op zee is er een voortdurende dreiging van torpedo’s, mijnen en onderzeeboten. En de zeelieden moeten blijven varen, zij mogen jarenlang niet naar huis.