Naast agenda`s van ingekomen en uitgaande (geheime) stukken bevat het archief van het commissariaat Makassar, 1947-1957 dossiers over personeelszaken en protocollen. Het archief bevat ook monsterrollen en scheepsverklaringen, documenten over economische zaken, bijvoorbeeld de nationalisatie van Nederlandse bedrijven en emigratie. Voorts culturele aangelegenheden zoals het onderhoud van de Nederlandse erevelden en politieke en militaire kwesties. Over het conflict inzake Nieuw-Guinea en kwesties rond Ambonese ex-KNIL-militairen zijn eveneens stukken in het archief terug te vinden.