Operatie Zwammerdamschepen’ is een initiatief van stichting Museumpark Archeon en 1 Arch/Hazenberg Archeologie. Het project wordt uitgevoerd in samenwerking met Batavialand, de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed, Vorst Houtonderzoek, Vakwerk in Hout, Historische Scheepstimmerwerf Klaas Hennepoel, Universiteit Leiden en Saxion Hogescholen.