Het archief van de marinewerf valt in drie gedeelten uiteen. De archieven van de onderdirecteur (1813-1843), de commandant-directeur (1843-1913) en de directeur van Willemsoord (1913-1945). Het archief van de onderdirecteur van de werf berust in het Noord-Hollands Archief. Het archief van de commandant-directeur berust in het Nationaal Archief. Binnen deze archieven bevinden zich alle stukken betreffende de gang van zaken op de Rijkswerf te Den Helder.
Archief Onderdirecteur 1813-1843