De afdeling Waterstaat was onder andere belast met dijkbeheer van de grote rivieren, aanleg en onderhoud van kanalen, toezicht op de binnenscheepvaart, beheer en onderhoud van zeeweringen en havens. Het archief is deels chronologisch (1814-1819 en 1823-1832) deels op onderwerpen (rubrieken) geordend. De stukken binnen een rubriek zijn intern weer chronologisch geordend en te raadplegen met behulp van de jaarlijkse indices en klappers.