In de roerige periode van de Bataafse Republiek en de Franse Tijd (1795-1813) is de militaire rechtspraak in handen van vele krijgsraden en andere instanties geweest. Dit archief is opgebouwd uit de archieven van vele van die instanties. Het is opgedeeld in twee delen: Land-en Zeemacht.
Onder het gedeelte van de Landmacht vallen onder andere de stukken betreffende de Commissie van Landsadvocaten, de Hoge Militaire Vierschaar en de krijgsraden te velde. Voor het gedeelte van de Zeemacht treft men de archieven van het Comité tot de Zaken van de Marine, de Landsadvocaten voor de Marine zaken en enkele krijgsraden betreffende specifieke incidenten.