Het archief van de Nederlandse Ambassade in Tokio en het Consulaat-Generaal in Kobe (1941-1974) bevat onder meer stukken betreffende de Japanse oorlogshandelingen in de Tweede Wereldoorlog, zoals schadeclaims en herstelbetalingen, jodenvervolging door Japan en gratieverlening aan Japanse oorlogsmisdadigers. Ook zijn er stukken aanwezig omtrent openbare orde, gezondheidszorg en milieu, verkeer en vervoer (scheep-, lucht- en ruimtevaart), de Japanse economie en de economische betrekkingen van Japan met het buitenland, sociale kwesties, culturele (olympische spelen) en wetenschappelijke aangelegenheden en de binnenlandse en buitenlandse politiek van Japan (w.o. defensie, de Japanse houding t.o.v. nucleaire bewapening en de betrekkingen met internationale organisaties). Het geheim archief bevat verder – onder de rubriek juridische aangelegenheden – eveneens stukken over de toepassing van oorlogsrecht, herstelbetalingen (t.a.v. Nieuw-Guinea), en schadeclaims van in Japanse kampen geïnterneerden uit Nederlands-Indië.
Japan
Archief Consulaat Yokohama, 1860-1870 (Nationaal Archief)
Het archief van het Consulaat te Yokohama (1860-1870) bestaat voornamelijk uit correspondentie, kasboeken, kwitanties, en pakhuis- en kambang-rekeningen. De correspondentie heeft o.a. betrekking op brieven ingekomen bij de consul-generaal tijdens zijn reizen naar Jedo, correspondentie m.b.t. een Marine kolendepot te Yokohama, en stukken afkomstig en verzonden naar van het Departement en de Minister van Buitenlandse Zaken.
Archief Gezantschap Japan, 1923-1941 (Nationaal Archief)
Het archief Gezantschap Japan, 1923-1941 bevat correspondentie en stukkenover de organisatie, over de bezetting van Mantsjoerije in de jaren dertig en over het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog. Het archief bevat ook stukken over Nederlands-Indië op diverse terreinen waaronder de handel en stukken betreffende de politieke en economische expansie van Japan in Nederlands-Indië. Ook zijn er stukken over Nederlandse activiteiten op het gebied van handel, nijverheid, scheepvaart en visserij.