Het ministerie van Koloniën was verantwoordelijk voor de inrichting van het koloniaal bestuur in Oost-Indië, West-Indië (Suriname, Curaçao en overige eilanden) en tot 1872 de Kust van Guinea (Ghana). Ook de begrotingen van het bestuur in de overzeese gebiedsdelen werden in Den Haag opgesteld. Het omvangrijke archief bestaat grotendeels uit een chronologisch geordend verbaal, met indices en klappers als toegangen. Het bevat stukken over de bovengenoemde onderwerpen, maar is tevens een rijke bron aan gegevens over de overzeese gebieden zelf, als gevolg van de uitgebreide rapportage vanuit de koloniën aan Den Haag. Zo bevatten de ingekomen registers Oost-Indische besluiten afschriften van alle door de Gouverneur-Generaal genomen besluiten, vergelijkbaar met de West-Indische gouvernementsjournalen, met afschriften van besluiten van de gezaghebbers in Suriname, Curaçao en de Kust van Guinea.
Bij het hoofdarchief zijn gedeponeerd de archieven van de Raad van Koophandel en Koloniën (1814-1818) en van de Commissaris voor de Koloniën te Amsterdam (1813-1829).
Curaçao
Archief Scheepvaartmissie New York, 1942-1945 (Nationaal Archief)
Het archief Scheepvaartmissie New York 1942-1945 bevat vergaderstukken van commissies van het Nederlands Scheepvaart Comité; stukken over de Nederlandse Antillen en Nederlands-Indië, een nota over West-Europa en Duitsland na de oorlog en een verslag van M.P.L. van Steenberghe over de Lend-Lease-onderhandelingen met de Amerikaanse regering, 1942-1945.