Het ministerie van Koloniën was verantwoordelijk voor de inrichting van het koloniaal bestuur in Oost-Indië, West-Indië (Suriname, Curaçao en overige eilanden) en tot 1872 de Kust van Guinea. Ook de begrotingen van het bestuur in de overzeese gebiedsdelen werden in Den Haag opgesteld. Het omvangrijke archief bestaat grotendeels uit een chronologisch geordend verbaal, met indices en klappers als toegangen. Het bevat stukken over de bovengenoemde onderwerpen, maar is ook een rijke bron aan gegevens over de overzeese gebieden zelf. De ingekomen registers bevatten Oost-Indische besluiten (1850-1932) en afschriften van alle door de Gouverneur-Generaal genomen besluiten, vergelijkbaar met de West-Indische gouvernementsjournalen, met afschriften van besluiten van de gezaghebbers in Suriname, Curaçao en de Kust van Guinea.
Een belangrijke bron over Oost-Indië vormen vanaf 1869 de zogenaamde mailrapporten. Deze mailrapporten bevatten talrijke bijlagen zoals: adviezen van de Raad van Indië, rapporten van de commandanten van leger (KNIL) en marine, rapporten van residenten, verslagen van reizen en onderzoekingen, overzichten en staten van financiële en economische aard. Bij de buiten het verbaal gehouden stukken zijn er onder meer bescheiden betreffende de oorlog in Atjeh.
Nationaal Archief
Archief Koloniën, 1814-1849 (Nationaal Archief)
Het ministerie van Koloniën was verantwoordelijk voor de inrichting van het koloniaal bestuur in Oost-Indië, West-Indië (Suriname, Curaçao en overige eilanden) en tot 1872 de Kust van Guinea (Ghana). Ook de begrotingen van het bestuur in de overzeese gebiedsdelen werden in Den Haag opgesteld. Het omvangrijke archief bestaat grotendeels uit een chronologisch geordend verbaal, met indices en klappers als toegangen. Het bevat stukken over de bovengenoemde onderwerpen, maar is tevens een rijke bron aan gegevens over de overzeese gebieden zelf, als gevolg van de uitgebreide rapportage vanuit de koloniën aan Den Haag. Zo bevatten de ingekomen registers Oost-Indische besluiten afschriften van alle door de Gouverneur-Generaal genomen besluiten, vergelijkbaar met de West-Indische gouvernementsjournalen, met afschriften van besluiten van de gezaghebbers in Suriname, Curaçao en de Kust van Guinea.
Bij het hoofdarchief zijn gedeponeerd de archieven van de Raad van Koophandel en Koloniën (1814-1818) en van de Commissaris voor de Koloniën te Amsterdam (1813-1829).
Archief Commissie Wettelijke Regeling Binnenvaartrecht, 1925-1933 (Nationaal Archief)
Het archief van de Commissie inzake Wettelijke Regeling van het Binnenvaartrecht (1925-1935) bevat notulen, aantekeningen betreffende het binnenvaartrecht van vóór 1925 en geldende internationale regelingen, tussentijdse verslagen aan de minister van Justitie, verslagen van besprekingen met vertegenwoordigers van binnenscheepvaartverenigingen en concepten van het wetsontwerp.
Archief Financiën / Convooien en Licenten, 1813-1826 (Nationaal Archief)
Het archief Convooien en licenten, 1813-1826 bevat de belastingen op de buitenlandse handel, de rechten van invoer, uitvoer, ook wel convooien en licenten genoemd. Tot het midden van de 19e eeuw vielen hier ook onder de doorvoerrechten: de scheepvaartrechten op de grote rivieren.
Archief Scheepvaartmissie New York, 1942-1945 (Nationaal Archief)
Het archief Scheepvaartmissie New York 1942-1945 bevat vergaderstukken van commissies van het Nederlands Scheepvaart Comité; stukken over de Nederlandse Antillen en Nederlands-Indië, een nota over West-Europa en Duitsland na de oorlog en een verslag van M.P.L. van Steenberghe over de Lend-Lease-onderhandelingen met de Amerikaanse regering, 1942-1945.
Archief Commissie Herziening Tarieven Loodsgelden, 1894-1896 (Nationaal Archief)
Het archief van de Commissie voor de Herziening der Tarieven van Loodsgelden (1894-1896) bevat notulen van vergaderingen en stukken over de totstandkoming van het gelijknamige rapport.
Archief Aanvoer Goederen Overzee, 1945-1949 (Nationaal Archief)
Het archief Aanvoer goederen overzee, 1945-1949 bevat contacten met het Supreme Headquarter Allied Expeditionary Force (SHAEF), het Netherlands Office for Relief and Rehabilitation (NORR), het Militair Gezag, banken en rederijen.