De familie Fagel had zich gedurende de 16e, 17e en 18e eeuw ontwikkeld tot een aanzienlijk regentengeslacht. Dit blijkt uit de ambten die verschillende leden bekleedden. Veel familieleden waren bijvoorbeeld griffier van de Staten-Generaal. Het archief is ingedeeld in rubrieken: correspondentie van de griffiers Fagel, retroacta betreffende Generaliteitscolleges en Generaliteitsbemoeienissen. De stukken afkomstig van de Generaliteitscolleges betreffen de Staten-Generaal, Raad van State, Generaliteitsrekenkamer, Admiraliteitscolleges en het Huis van Oranje. De stukken in de rubriek Generaliteitsbemoeienissen handelen over gewestelijke zaken, militaire- en zeezaken, financiële kwesties, buitenlandse zaken, religie en kerkelijke zaken, jurisdictie en justitiële zaken. Daarnaast ook stukken over de Generaliteitslanden, de VOC en WIC, Suriname en de Antillen. De verzameling stukken van Hendrik Fagel de Oude bevat een overzicht aan gewone en secrete resoluties van de Staten-Generaal door de jaren heen (van 1585 tot 1775) en generale indices op die resoluties, zo ook voor de Staten van Holland en de Raad van State.
17de eeuw
Archief Colterman, 1664-1701 (Nationaal Archief)
Het archief bevat ambtelijke stukken van Gerard Colterman met betrekking tot zijn werkzaamheden als gedeputeerde in het Admiraliteitscollege van Amsterdam gedurende de Tweede Engels-Nederlandse Zeeoorlog: brieven, stukken over de oorlogsvloot (equipage en aanbouw), stukken van inspectiereizen en rapporten over strijd op zee tegen de Engelsen. Verder zijn er stukken aan hem als afgevaardigde namens Holland in de Staten-Generaal gedurende 1667-1670, waaronder brieven. Van Cornelis Colterman zijn er enkele ambtelijke stukken als lid van Gecommitteerde raden van het Zuiderkwartier van Holland, 1698-1701.
Archief A. en G. van Vredenburgh, 1602-1779 (Nationaal Archief)
Dit archief bevat ambtelijke stukken van Adriaan van Vredenburch (1680-1759) en Gerard van Vredenburch (1710-1784). Zij waren bewindhebbers van de VOC voor de Kamer Delft.
Archief Teding van Berkhout, 1633-1701 (Nationaal Archief)
Dit archief bevat stukken afkomstig van Coenraad van Heemskerk (1646-1702) en Hans Putmans. Van Heemskerk was gezant in Oostenrijk, Denemarken en Spanje en van Hans Putmans was gouverneur van Formosa. Van 1629 tot 1636 was hij gouverneur van de VOC.
Archief Sweers, 1602-1674 (Nationaal Archief)
Het archief Sweers bevat stukken over de carrières van enkele familieleden in dienst van de VOC. Het betreft allereerst de schoonbroers Salomon Sweers (1611-1674) en Jeremias van Vliet (1602-1663). De meeste stukken behandelen politieke en handelsaangelegenheden te Batavia en Siam en de betrekkingen met Japan, Suratte en Perzië. Daarnaast zijn er stukken over François Mannis en Jacques Specx. Een aantal stukken van de laatste hebben specifiek betrekking op de WIC vanwege diens functie als bewindhebber van deze compagnie.
Archief de Ruyter, 1587-1982 (Nationaal Archief)
Het archief bevat stukken van de zakelijke loopbaan en het privé leven van luitenant-admiraal Michiel Adriaensz de Ruyter. Daarnaast bevat het stuken over zijn overlijden en nalatenschap, postuum eerbetoon en herdenkingen. Tevens bevat het enige bestanddelen van het archief van de Admiraliteit Zeeland en van enkele zeeofficieren. Daarnaast zijn archiefstukken aanwezig van zijn drie dochters, hun echtgenoten en nakomelingen en van zijn zoon Engel, vice-admiraal van Holland en West-Friesland. Een groot deel van het archief bestaat uit documenten over erfeniskwesties tussen leden van vooraanstaande families in Vlissingen en Goes, waar vooral zijn dochter Cornelia en kleinzoon Cornelis de Witte baron de Ruyter bij betrokken waren. Ook bevinden zich in het archief stukken over de verkoop in 1895/1896 van de ‘collectie’ De Ruyter, bestaande uit nagelaten schilderijen, voorwerpen en archivalia van deze zeeheld en zijn nakomelingen aan het Rijk.
Archief Rademacker, 1460-1800 (Nationaal Archief)
Dit archief bevat stukken over het bestuur en bedrijf van de VOC en de WIC in Nederland en overzee. Deze stukken zijn afkomstig van leden van de familie Rademacher. Zij waren bewindhebbers van deze compagnieën. Daarnaast bevat dit archief stukken over de Zeeuwse commerciecompagnieën.