Na de opheffing van de WIC in 1791 werd de Raad der Koloniën in het leven geroepen om zich met de lopende zaken van de compagnie bezig te houden. Het archief bestaat onder meer uit financiële stukken, resoluties en correspondentie met de Staten-Generaal, de voormalige bestuurskamers van de WIC en de koloniën.
Nationaal Archief
Archief Geleynssen de Jongh, 1612-1648 (Nationaal Archief)
Het archief Geleynssen de Jongh bevat ambtelijke stukken. Wollebrand Geleynssen de Jongh (1594-1647) was VOC-dienaar, onder meer als directeur van diverse kantoren in Perzië en Voor-Indië.
Archief OWIC, 1621-1711 (Nationaal Archief)
De Oude West-Indische Compagnie was actief van 1621 tot aan haar faillissement in 1674. Het archief bestaat uit stukken van de bestuurskamers in Amsterdam, Delft, Zeeland, het Noorderkwartier en op de Maze, van het Haags Besogne waarin de kamers onderling overleg voerden, en van het centrale bestuurscollege, de Heren XIX. De documenten gaan onder meer over de Kust van Guinea en Nederlands-Brazilië.
Archief Fagel, 1513-1927 (Nationaal Archief)
Het archief Fagel bestaat uit drie hoofdgroepen: stukken van persoonlijke aard, stukken van ambtelijke aard en briefwisselingen. De stukken van persoonlijke aard bevat overwegend benoemingen en overige particuliere stukken over de levensloop van diverse leden van het geslacht Fagel. De familie speelde in de 18de eeuw een belangrijke rol in de ambtenarij op generaliteitsniveau. De stukken van ambtelijke aard zijn opgesteld in hun hoedanigheid als griefier, het grieffiersarchief. Dit archief bevat stukken over de griffie en het ambt van de griffier, indices op de resoluties van de Staten-Generaal, agenda’s en registers van uitgaande brieven, stukken over de werkzaamheden van de diverse generaliteitscolleges, de prins van Oranje. Daarnaast zijn er stukken over gewestelijke zaken, over de financiën, leger en vloot, buitenlandse zaken, religie en kerkelijke zaken, juridische zaken, Generaliteitslanden, VOC, WIC, en Suriname. De laatste hoofdgroep bevat briefwisselingen voor de periode 1672-1688 en vanaf 1700 tot het einde van de 19de eeuw met familieleden en gezanten.
Archief Nederlandse Factorij Japan, 1609-1860 (Nationaal Archief)
Archief van de Nederlandse handelspost in Japan, eerst in Hirado en daarna in Deshima gevestigd. Onder de documenten bevinden zich dagregisters, financiële, juridische en notariële stukken, resoluties en correspondentie.
Archief Nederlandse Bezittingen Voor-Indië, 1703-1826 (Nationaal Archief)
Dit archief omvat delen van archieven uit handelsposten van de VOC in Bengalen, Coromandel, Madura en Surat, bestaande uit correspondentie, dagregisters en resoluties.
Archief Lijnbaan Amsterdam, 1712-1892 (Nationaal Archief)
Archief van de lijnbaan die in de 18e eeuw onder beheer van het admiraliteitscollege van Amsterdam stond en in de 19e eeuw door de marine werd geëxploiteerd, onder meer bestaande uit registers en soldijboeken. Het archief bevat tevens enkele 19e-eeuwse stukken van de Rotterdamse lijnbaan.